Score:0

จะตัดช่วงบรรทัดของไฟล์และใส่ลงในหลายไฟล์ได้อย่างไร

ธง af

ฉันมีไฟล์ fasta ที่มีรหัสและลำดับดังนี้:

>4S3O_2:ค
GSMSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPS
>5JH8_1:อ
AAMVLAYYSGYAGNYAALTRYAASFNAVAVDFYNITAQGAVTGNGDPAPNDAISFLLGRKIPAYGCVSNVDGNGNWSADIAHAVSTSAQSQAVANLVKFAQDKRFSGINVDFEAVAQGDRNNFSHFI

ฉันต้องการตัดบรรทัดที่มี ids และลำดับซ้ำแล้วซ้ำอีกและใส่ลงในไฟล์ใหม่หลายไฟล์ที่ตั้งชื่อตาม ids ที่สอดคล้องกัน (ไม่รวม chains) เช่นเดียวกับ newfile cointains

>4S3O_2:ค
GSMSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPS

และมันมีชื่อว่า 4S30_2.fasta

นี่คือสิ่งที่ฉันพยายาม:

awk -F ">" | sed -i -e '$0,$1{w file.fasta d}' BlindSet150.fasta 
Score:2
ธง hr

อาจมีเครื่องมือชีวสารสนเทศที่มีประสิทธิภาพสำหรับการแยกลำดับ fasta ไปยังไฟล์แต่ละไฟล์ แต่ถ้าคุณต้องการม้วนของคุณเองด้วย awk ฉันขอแนะนำบางอย่างเช่น

awk -F '[>:]' '/^>/ {ปิด(f); f = $2 ".fasta" } f {พิมพ์ > f}' BlindSet150.fasta

โพสต์คำตอบ

คนส่วนใหญ่ไม่เข้าใจว่าการถามคำถามมากมายจะปลดล็อกการเรียนรู้และปรับปรุงความสัมพันธ์ระหว่างบุคคล ตัวอย่างเช่น ในการศึกษาของ Alison แม้ว่าผู้คนจะจำได้อย่างแม่นยำว่ามีคำถามกี่ข้อที่ถูกถามในการสนทนา แต่พวกเขาไม่เข้าใจความเชื่อมโยงระหว่างคำถามและความชอบ จากการศึกษาทั้ง 4 เรื่องที่ผู้เข้าร่วมมีส่วนร่วมในการสนทนาด้วยตนเองหรืออ่านบันทึกการสนทนาของผู้อื่น ผู้คนมักไม่ตระหนักว่าการถามคำถามจะมีอิทธิพลหรือมีอิทธิพลต่อระดับมิตรภาพระหว่างผู้สนทนา