Score:0

มีวิธีใดบ้างที่ฉันโหลดไฟล์ลงใน RAM เพื่อการคำนวณที่เร็วขึ้น

ธง cn

ตอนนี้เรียนชีวสารสนเทศอยู่ค่ะ ฉันกำลังทำงานกับโปรแกรมจัดตำแหน่งเช่น BWA ฉันสงสัยว่ามีคำสั่งหรือไดเร็กทอรีใดบ้างที่อนุญาตให้ฉันคัดลอกไฟล์ fastq จากฮาร์ดไดรฟ์ไปยัง RAM และดำเนินการจัดตำแหน่งและคำนวณทั้งหมดบนนั้น พิมพ์เฉพาะเอาต์พุตไปยังฮาร์ดไดรฟ์ หรืออย่างน้อยก็สามารถทำงานร่วมกับ RAM

in flag
ใช่ คุณสามารถใช้ดิสก์ RAM ได้ คุณมี RAM เท่าใดและไฟล์ที่คุณต้องการใช้งานมีขนาดใหญ่เท่าใด
khanhlpbao avatar
cn flag
@matigo ฉันมี RAM 20gb และแต่ละไฟล์ fastq สูงสุดประมาณ 2-3gb
in flag
ไฟล์เหล่านั้นไม่ใหญ่เกินไป ฉันจะไม่แปลกใจเลยหากโหลดลงในบัฟเฟอร์ระบบไฟล์ (RAM) โดยอัตโนมัติหากซอฟต์แวร์อ่านข้อมูลเหล่านี้เป็นจำนวนมากที่กล่าวว่าคุณสามารถใช้หนึ่งในสองคำตอบด้านล่างเพื่ออุทิศหน่วยความจำบางส่วนและทำการทดสอบเปรียบเทียบเพื่อดูว่าการคัดลอกไฟล์ไปยัง RAM ลดเวลาการประมวลผลโดยรวมหรือไม่
vanadium avatar
cn flag
ฉันเห็นด้วยกับมาติโก มีโอกาสที่หากคุณสละแรมเพื่อ ramdisk คุณอาจไม่เห็นการปรับปรุงเนื่องจากมันไปเป็นค่าใช้จ่ายของแคชของดิสก์
Score:3
ธง pe

คุณสามารถใช้ RAMFS เพื่อสร้าง/เมานต์ไดเร็กทอรีลงใน RAM จากนั้นคัดลอกไฟล์ของคุณลงไป นอกจากนี้ยังมีอีกวิธีในการบรรลุสิ่งที่คุณต้องการด้วย วีเอ็มทัช

sudo mkdir -p /mnt/ram
sudo mount -t ramfs /mnt/ram
sudo chmod 755 /mnt/ram

cp /path/to/myFile /mnt/ram/myFile.cp

แน่นอนว่าเนื้อหาของ /mnt/แกะ จะหายไปเมื่อยกเลิกการต่อเชื่อมหรือ/และรีบูตเครื่อง

ฟรีไฟล์ ram ที่เมาท์ชั่วคราว:

sudo umount /mnt/ram
sudo rmdir /mnt/ram
khanhlpbao avatar
cn flag
ขอบคุณ ฉันต้องการเพียงชั่วคราวสำหรับการคำนวณ มีคำสั่งให้รีบูตการเมานต์หลังจากที่ฉันคำนวณเสร็จหรือไม่
pe flag
@khanhlpbao ดูคำตอบที่แก้ไขแล้ว ฉันได้เพิ่มคำสั่งสำหรับการยกเลิกการต่อเชื่อม temp ram เมื่อการคำนวณเสร็จสิ้น
Score:1
ธง cn

Mkusb Frugal Persistent Live ติดตั้งด้วย toram

mkusb: https://help.ubuntu.com/community/mkusbสร้างการติดตั้ง Persistent Live Frugal ที่จะบู๊ต โทรัม.

สามารถโหลดการติดตั้งประหยัดไปยัง USB หรือดิสก์ภายใน

ฉันคิดว่านี่เป็นระบบที่เร็วมาก ถ้าคุณมี RAM เพียงพอ

ข้อมูลระหว่างเซสชันจะถูกบันทึกไว้ในพาร์ติชันซ้อนทับ ext4 ถาวร คุณยังสามารถเพิ่มพาร์ติชันข้อมูล FAT32 และ NTFS

Score:0
ธง vn

Ubuntu (และ Linux distros อื่น ๆ ) มาพร้อมกับ ramdisk ที่ติดตั้งไว้ล่วงหน้าแล้ว /dev/shm. ขนาดของ ramdisk นี้คือครึ่งหนึ่งของ RAM ของคุณ (ดังนั้นในกรณีของ OP คือ 10 GB)

แทนที่จะสร้าง ramdisk อีกอันหนึ่ง การสร้างโฟลเดอร์ไว้ข้างในนั้นดีมาก /dev/shmให้คัดลอกไฟล์ของคุณที่นั่น และลบโฟลเดอร์อีกครั้งในภายหลัง

ตัวอย่าง:

$ mkdir /dev/shm/myfiles
$cp /path/to/myfiles /dev/shm/myfiles
$ ทำอะไรก็ได้ /dev/shm/myfiles
$ rm -R /dev/shm/myfiles

โพสต์คำตอบ

คนส่วนใหญ่ไม่เข้าใจว่าการถามคำถามมากมายจะปลดล็อกการเรียนรู้และปรับปรุงความสัมพันธ์ระหว่างบุคคล ตัวอย่างเช่น ในการศึกษาของ Alison แม้ว่าผู้คนจะจำได้อย่างแม่นยำว่ามีคำถามกี่ข้อที่ถูกถามในการสนทนา แต่พวกเขาไม่เข้าใจความเชื่อมโยงระหว่างคำถามและความชอบ จากการศึกษาทั้ง 4 เรื่องที่ผู้เข้าร่วมมีส่วนร่วมในการสนทนาด้วยตนเองหรืออ่านบันทึกการสนทนาของผู้อื่น ผู้คนมักไม่ตระหนักว่าการถามคำถามจะมีอิทธิพลหรือมีอิทธิพลต่อระดับมิตรภาพระหว่างผู้สนทนา