ฉันกำลังพยายามติดตั้งแพ็คเกจ R rgdal บน HPC ที่มหาวิทยาลัยของฉัน
ฉันป้อนคำสั่งปกติที่ใช้กับแพ็กเกจอื่นๆ ซึ่งติดตั้งอย่างถูกต้อง แต่ไม่ใช่สำหรับ "rgdal"
install.packages("rgdal")
ข้อความแสดงข้อผิดพลาดเอาต์พุตมีดังต่อไปนี้:
กำหนดค่า: ข้อผิดพลาด: ไม่พบ gdal-config หรือไม่สามารถเรียกใช้งานได้
ฉันสงสัยว่าสิ่งนี้เกิดขึ้นเนื่องจาก R ค้นหา gdal-config ในไดเร็กทอรี R ที่ใช้ร่วมกันของคลัสเตอร์ แต่อนุญาตให้ติดตั้งแพ็คเกจในไลบรารีส่วนบุคคลเท่านั้น ในความเป็นจริง เมื่อฉันพยายามติดตั้งแพ็คเกจอื่นๆ (และใช้งานได้ตามปกติ ฉันจะใช้ "readr" เป็นตัวอย่าง) ฉันได้รับคำเตือนต่อไปนี้:
คำเตือนใน install.packages("readr") :
'lib = "/cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R/library"' เขียนไม่ได้
คุณต้องการใช้ห้องสมุดส่วนตัวแทนหรือไม่? (y/n)
ฉันได้ตอบว่าใช่ และฉันถูกถาม
คุณต้องการสร้างห้องสมุดส่วนตัว
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1.1
เพื่อติดตั้งแพ็คเกจลงใน? (y/n)
หลังจากยืนยันว่าใช่ ดังที่ได้กล่าวไว้ก่อนหน้าว่าแพ็คเกจอื่นๆ ได้รับการติดตั้งอย่างถูกต้องและใช้งานได้ดี อย่างไรก็ตาม เมื่อพยายามติดตั้ง "rgdal" จะไม่มีข้อความเตือนและในเอาต์พุตอื่นๆ ก็มี
กำหนดค่า: R_HOME: /cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R
ดังนั้นฉันคิดว่าด้วยเหตุผลบางอย่าง "rgdal" กำลังมองหา gdal-config ในไลบรารีที่ใช้ร่วมกันซึ่งไม่สามารถเขียนได้แทนที่จะเป็นไลบรารีส่วนตัว เนื่องจากไม่มี gdal-config การติดตั้งจึงถูกยกเลิก
ฉันกำลังมองหาปัญหาเดียวกันและวิธีแก้ปัญหาทั้งหมดที่แนะนำต้องใช้ sudo แต่ฉันไม่ได้รับอนุญาตให้ทำเช่นนั้นดังนั้นฉันเดาว่าสิ่งที่ฉันกำลังมองหาคือวิธีบอก "rgdal" ให้ทำทุกอย่างในห้องสมุดส่วนตัวแทนที่จะเป็นห้องสมุดที่แชร์
มีความคิดเกี่ยวกับวิธีการทำเช่นนั้น?