Score:1

ไม่สามารถติดตั้งแพ็คเกจ rgdal R บนคลัสเตอร์คอมพิวเตอร์ - Linux

ธง in

ฉันกำลังพยายามติดตั้งแพ็คเกจ R rgdal บน HPC ที่มหาวิทยาลัยของฉัน ฉันป้อนคำสั่งปกติที่ใช้กับแพ็กเกจอื่นๆ ซึ่งติดตั้งอย่างถูกต้อง แต่ไม่ใช่สำหรับ "rgdal"

install.packages("rgdal")

ข้อความแสดงข้อผิดพลาดเอาต์พุตมีดังต่อไปนี้:

กำหนดค่า: ข้อผิดพลาด: ไม่พบ gdal-config หรือไม่สามารถเรียกใช้งานได้

ฉันสงสัยว่าสิ่งนี้เกิดขึ้นเนื่องจาก R ค้นหา gdal-config ในไดเร็กทอรี R ที่ใช้ร่วมกันของคลัสเตอร์ แต่อนุญาตให้ติดตั้งแพ็คเกจในไลบรารีส่วนบุคคลเท่านั้น ในความเป็นจริง เมื่อฉันพยายามติดตั้งแพ็คเกจอื่นๆ (และใช้งานได้ตามปกติ ฉันจะใช้ "readr" เป็นตัวอย่าง) ฉันได้รับคำเตือนต่อไปนี้:

คำเตือนใน install.packages("readr") :
'lib = "/cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R/library"' เขียนไม่ได้
คุณต้องการใช้ห้องสมุดส่วนตัวแทนหรือไม่? (y/n)

ฉันได้ตอบว่าใช่ และฉันถูกถาม

คุณต้องการสร้างห้องสมุดส่วนตัว
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1.1
เพื่อติดตั้งแพ็คเกจลงใน? (y/n)

หลังจากยืนยันว่าใช่ ดังที่ได้กล่าวไว้ก่อนหน้าว่าแพ็คเกจอื่นๆ ได้รับการติดตั้งอย่างถูกต้องและใช้งานได้ดี อย่างไรก็ตาม เมื่อพยายามติดตั้ง "rgdal" จะไม่มีข้อความเตือนและในเอาต์พุตอื่นๆ ก็มี

กำหนดค่า: R_HOME: /cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R

ดังนั้นฉันคิดว่าด้วยเหตุผลบางอย่าง "rgdal" กำลังมองหา gdal-config ในไลบรารีที่ใช้ร่วมกันซึ่งไม่สามารถเขียนได้แทนที่จะเป็นไลบรารีส่วนตัว เนื่องจากไม่มี gdal-config การติดตั้งจึงถูกยกเลิก

ฉันกำลังมองหาปัญหาเดียวกันและวิธีแก้ปัญหาทั้งหมดที่แนะนำต้องใช้ sudo แต่ฉันไม่ได้รับอนุญาตให้ทำเช่นนั้นดังนั้นฉันเดาว่าสิ่งที่ฉันกำลังมองหาคือวิธีบอก "rgdal" ให้ทำทุกอย่างในห้องสมุดส่วนตัวแทนที่จะเป็นห้องสมุดที่แชร์

มีความคิดเกี่ยวกับวิธีการทำเช่นนั้น?

digijay avatar
mx flag
ตั้งค่าตัวแปรสภาพแวดล้อม `GDAL_CONFIG_FILE` เป็นไฟล์กำหนดค่าในโฮมไดเร็กตอรี่ของคุณแล้วลองอีกครั้ง [ลิงก์นี้](https://gdal.org/user/configoptions.html) อาจมีประโยชน์
in flag
ขอบคุณสำหรับคำแนะนำ ฉันค่อนข้างใหม่สำหรับสิ่งนี้และไม่พบวิธีที่เหมาะสมในการทำเช่นนั้น ฉันจะตั้งค่าตัวแปรสภาพแวดล้อมได้อย่างไร
digijay avatar
mx flag
ตรงไปตรงมา: เปิดเทอร์มินัล (ctrl+alt+T) และป้อน `GDAL_CONFIG_FILE=/path/to/your/gdal-config-file` จากนั้นลองเริ่มการติดตั้งอีกครั้งในเทอร์มินัลนั้น
in flag
ขอขอบคุณอีกครั้ง. ปัญหาดูเหมือนจะแตกต่างออกไปจริง ๆ และฉันต้องขอความช่วยเหลือจากวิศวกรการกำหนดค่า HPC พวกเขาติดตั้ง gdal บนคลัสเตอร์ แต่ตอนนี้เห็นได้ชัดว่ามีปัญหาอื่น ไม่พบ GDALAllRegister ใน libgdal จะพยายามปรับปรุงหัวข้อนี้ให้ทันสมัยในกรณีที่ใครมีปัญหาเดียวกันในอนาคต

โพสต์คำตอบ

คนส่วนใหญ่ไม่เข้าใจว่าการถามคำถามมากมายจะปลดล็อกการเรียนรู้และปรับปรุงความสัมพันธ์ระหว่างบุคคล ตัวอย่างเช่น ในการศึกษาของ Alison แม้ว่าผู้คนจะจำได้อย่างแม่นยำว่ามีคำถามกี่ข้อที่ถูกถามในการสนทนา แต่พวกเขาไม่เข้าใจความเชื่อมโยงระหว่างคำถามและความชอบ จากการศึกษาทั้ง 4 เรื่องที่ผู้เข้าร่วมมีส่วนร่วมในการสนทนาด้วยตนเองหรืออ่านบันทึกการสนทนาของผู้อื่น ผู้คนมักไม่ตระหนักว่าการถามคำถามจะมีอิทธิพลหรือมีอิทธิพลต่อระดับมิตรภาพระหว่างผู้สนทนา